自然保护区的分区
自然保护区可以分为核心区、缓冲区和实验区。自然保护区内保存完好的天然状态的生态系统以及珍稀、濒危动植物的集中分布地，应当划为核心区，禁止任何单位和个人进入；除规定经批准外，不允许进入从事科学研究活动。核心区外围可以划定一定面积的缓冲区，只准进入从事科学研究观测活动。缓冲区外围划为实验区，可以进入从事科学实验、教学实习、参观考察、旅游以及驯化、繁殖珍稀、濒危野生动植物等活动。原批准建立自然保护区的人民政府认为必要时，可以在自然保护区的外围划定一定面积的外围保护地带。
自然保护区的数字化应用
自然保护区的数字化应用主要表现在3个方面：
①自然保护区的研究、开发的数字化。应用GIS技术特有的空间信息管理与空间分析功能，对自然保护区地貌结构、生物多样性与动植物资源分布的研究及生态系统演变模型的预测分析，可以为自然保护区的开发与保护提供科学的决策依据。
②自然保护区规划、建设的数字化。地理信息技术因其具有空间图形和属性信息一体化的优势，可以被广泛应用于自然保护区的水环境及湿地生态系统保护规划、野生动物及栖息地保护规划、野生植物及天然林恢复和保护规划、森林草地防火规划、基础设施建设规划、生态旅游规划、科研教育规划等。
③自然保护区运行、管理的数字化。由于GIS软件技术的组件化，可以方便地与OA、MIS和专家系统(ES)结合，开发出基于地理空间信息的图、文、表、管一体化的空间决策支持信息系统，在自然保护区的运行、管理中。一方面，应用上述GIS技术手段。利用数据库软件建立基础地形数据库(包括数字高程模型库、影像数据库、数字地图库)、动植物资源数据库、水环境与湿地资源数据库、土壤数据库、气象数据库、生态旅游资源数据库等；另一方面，在局域网和互联网环境中，应用GIS功能组件和可视化开发工具(VB、VC等)，结合MIS和OA技术，开发可以综合管理自然保护区资源、显示自然保护区景观、查询自然保护区信息、支持自然保护区日常管理工作的自然保护区管理信息系统。
自然保护区的管理
自然保护区管理模式的核心问题：一是管理主体，即管理机构的设置；二是主体权责，即管理主体的职责和权限的划分；三是管理的运行，即权力的运行过程。目前我国自然保护区管理模式的主要问题是：管理主体的多元化和重叠化，管理职责和管理权限的模糊化，管理运行中的权力高度集中。
一、自然保护区管理主体
(一)我国自然保护区的管理主体
根据1994年10月9日中华人民共和国国务院发布的《中华人民共和国自然保护区管理条例》第八条的规定：“国家对自然保护区实行综合管理与分部门管理相结合的管理体制。国务院环境保护行政主管部门负责全国自然保护区的综合管理。国务院林业、农业、地质矿产、水利、海洋等有关行政主管部门在各自的职责范围内，主管有关的自然保护区。县级以上地方人民政府负责自然保护区管理的部门的设置和职责，由省、自治区、直辖市人民政府根据当地具体情况确定。”
在这个规定中我们发现，对自然保护区的管理是两条线，即综合管理和分部门管理，那么在这种体制下，管理主体就变成了多个主体了，即国务院环境保护行政主管部门，国务院林业、农业、地质矿产、水利、海洋等有关行政主管部门，县级以上地方人民政府。实践证明多主体的管理，实际上是无主体的管理。因为多头管理、交叉管理一直是自然保护区管理的主要问题。这些情况主要表现为：中央各部门之间管理权限的争夺和重叠，中央部门和地方政府之间管理权限的重叠，而部门间管理权限和相关利益的争夺不仅降低了自然保护区管理的水平，而且造成许多自然保护区的破坏行为和过度开发。因此，一定要明确主导管理主体，并对管理主体的管理活动进行监管。
(二)国际上的一般作法
根据保护区内土地权属、保护区归属管辖与级别划分、保护区事项的决策、管理责任、部门参与、经费提供等这些条件，目前世界各国自然保护区管理机构大致有以下几类：
1．由政府部门管理。世界各国大多数保护区都是由国家、政府设立专门的机构或由有关行政部门负责管理，例如专门的国家公园局、自然保护局、自然资源部、内政部或由土地、农林、畜牧、环保、城乡建设、海洋、地矿、文化、计划、旅游、科教和军事等部门设立专门机构负责管理。这些部门实际上是委托地方下属部门、科教部门或承包给公私有关部门全面或部分的管理，提供全部或部分经费甚至不提供经费。
2．由科教部门管理。在由各级政府部门拥有和管理的保护区中，科教部门负责科研和教育项目是很普遍的。许多大学和科研机构通过建立科研监测基地或学生实习基地，管理一些独特的保护区。如美国加州Davis分校受内政部国家公园局委托建立专门的国家公园研究机构和管理系统；中国科学院华南植物研究所管理广东肇庆鼎湖山自然保护区和东北林业大学管理的黑龙江凉水保护区都属于这一类型。其特点是管理科学，但常常受限于经费和人力。
3．由非政府组织管理。由于政府的经济能力往往是有限的，所以非政府组织常常成为被委托人或以租用者的身份经营管理重要的国家公园和保护区，或者至少负责某些保护或管理项目，在某些情况下，甚至购买保护区土地成为集团拥有和管理的保护区，美国的大自然保护协会(The Nature Conservancy)、保护国际(Conservation International)即为成功的例子。
4．由本地社区拥有和管理。一些自然保护意识萌芽早的地方，本地居民早就拥有自己的保护区，虽然面积不大，但适用村规民约，管理严格。在伦敦，也有许多自然保护区是完全由当地居民管理运行的，通常社区从地方权力机构处获得短期管理许可权，但目前主要是一些小的自然保护区、社区花园和具有自然生境的城市农场。
5．由地方拥有和管理。随着地方经济的发展和决策者生态意识的提高，这类保护区正在不断增加，面积一般都比较小，大多侧重于生态旅游和娱乐以及资源开发。
6．由个人或社团拥有和管理。主要是土地私有者把自己的山林、湿地、海岸或岛屿按生态旅游和持续发展的要求来经营，发展成保护景观和管理的保护区。这类保护区一般都有比较好的管理。我国目前也出现了一些承包荒山荒滩建造保护区的例子，但规模较小、级别较低、生态价值不大，主要满足服务和娱乐功能。
从上面世界各国的管理经验来看，自然保护区具体的管理主体可以多元化，但是不能重叠化。考虑到我国自然保护区数量巨大，地域广阔，单一的管理主体必定不能很好完成对自然保护区的管理，所以多个管理主体对自然保护区的管理是有益的。即，针对不同级别和不同地域特征的自然保护区，可以由不同的管理主体进行管理。但是，对于自然保护区的管理主体不能重叠，即，在一个自然保护区内，不应出现两个或者更多的管理主体。
二、自然保护区管理主体的权责
根据《中华人民共和国自然保护区管理条例》的规定，在管理体制上，“国务院环境保护行政主管部门负责全国自然保护区的综合管理。国务院林业、农业、地质矿产、水利、海洋等有关行政主管部门在各自的职责范围内，主管有关的自然保护区。县级以上地方人民政府负责自然保护区管理的部门的设置和职责。”这里有几个问题亟需明确，综合管理的准确定义是什么?综合管理和分部门主管的关系如何界定?中央各主管部门和地方政府之间的关系如何界定?如果综合管理的定义不明确，就无法弄清综合管理和分部门主管的关系，就无法确定中央一级的主体管理部门。而中央各主管部门和地方政府之间的关系不能明确界定的话，就无法在自然保护区具体的管理上，明确中央和地方的权限与职责，从而加剧中央和地方在管理上的离心和冲突。很明显，所谓“综合管理”一词的提出是有很强的计划经济色彩的，没有体现现代公共治理的精神和内涵。因此，很有必要厘清各个部门间的管理权限和职责。在此之前，我们有必要看看其他国家的相关经验：
美国自然保护区体系是建立在国家公园基础上的，国会以法律对内政部管理国家公园系统的职权和基本制度做了规定：(1)国会要求内政部对国家公园系统发展作出全面规划。(2)国会要求内政部为各成员单位制定一般管理计划。(3)国会授权内政部国家公园署管理和控制国家公园系统的各单位，并为国家公园系统的管理和利用制订条例和规则。违反这些条例和规则将被处以罚金和监禁，并负担所有司法程序费用。
日本的自然保护区类型包括原生自然环境保全地域、自然环境保全地域、都道府县设立的自然环境保全地域。在这些保护区域管理方面，日本主要由环境厅下设的自然保护局负责，具体事务由自然保护局在各地的派出机构如国立公园野生动植物事务所、国立公园管理官事务所承担。
挪威环境部是负责国家保护战略的政府机构，环境部下设的“自然管理理事会”负责中央一级的自然保护和管理；地方一级的环境保护，由各郡行政管理办公室负责，安排社区规划，提出保护区初步计划，负责全郡范围内的管理和信息工作。自然管理理事会的监察员负责各个国家公园的日常管理工作。所有的国家公园和大多数保护区都有任命的管理员，负责监护野生动植物状况，提供信息，确保所有法规的有效执行。
从外国的经验可以看出，在国家一级，都有一个中央部门全面负责全国的自然保护区保护工作。我们可以借鉴他国的相关经验，取消目前多部委均可对自然保护区进行管理的立法模式，只在中央设一个部委全面负责全国的自然保护区的规划、建设、管理和监督。即，确立一个部门对全国具有自然保护区条件的地域，进行全面的总体规划，并设立自然保护区，全面主管全国的自然保护区的管理工作。同时，对各地的自然保护区具体的管理工作进行监督。
同时，由于自然保护区主要分为国家级和地方级。对于国家级自然保护区，在地理位置上，一般也是在各个地方的。所以，在实践中，也是各个地方对国家级自然保护区进行具体的管理工作。所以这就涉及到中央的管理权限和地方的管理权限的分配问题。中央负责对全国自然保护区管理政策的指导和总体规划，并提供部分建设和管理经费，同时对地方的管理工作进行监督。地方政府设立自然保护区管理机构，制定具体的管理办法和管理制度，并提供部分管理经费。
针对地方级自然保护区，则由中央主管部门的省级单位全面负责该地区的自然保护区的管理工作，对本地区的自然保护区进行总体规划和政策指导。地方政府设立自然保护区管理机构，制定具体的管理办法和管理制度，并提供部分管理经费。这样，从国家级自然保护区和地方级自然保护区两条线进行分级管理。就将各相关管理部门的职能和权限明晰起来了。
三、自然保护区的管理运行过程
法律规定：“国务院环境保护行政主管部门”负责对自然保护区工作进行业务指导和工作监督。在实际的管理过程中，国务院环境保护行政主管部门既没有能力去管理全国的各个自然保护区，也无法支付自然保护区管理的所有成本。对于地方政府而言，由于“县级以上地方人民政府负责自然保护区管理的部门的设置和职责”，所以，在自然保护区的管理过程中，地方政府承担了绝大部分管理任务。然而，实际管理和运营的权力被每一个自然保护区的政府或政府主管机构完全占有。自然保护区的管理，有设立地方政府行使管理权的，如庐山、武陵源；也有直接设立专业机构管理，如五大连池、黄龙。第一种情况地方政府就是自然保护区的管理者，政府成为自然保护区保护、保存、展出、宣传工作的直接责任人和义务人；第二种情况由各专门的机构进行管理，然而此类机构一般是设立在各级地方政府之下，由政府直接领导或间接指导监督。
由此可见，地方政府是自然保护区管理中最重要的环节，不但在事实上成为自然保护区的管理主体和经营主体，而且实际上主导着自然保护区的管理和保护的全过程。在地方政府越来越成为一个具有自身利益追求的“准市场主体”和对政府官员依然采取“经济化、数字化”的政绩考核方法的今天，地方利益超越甚至损害公共利益，成为难以避免的现实。对于那些实际掌握着自然保护区资源，同时又面临社会经济发展实际问题和自身利益诉求的地方政府而言，往往会忽略自身作为管理机构的监督职责，而直接参与对自然保护区的经营，导致监督者和使用受益者的角色重叠，破坏了游戏规则中的制衡性。正是在自然遗产管理的运行中，由地方政府经营自然保护区，所以才会出现景区超级电梯，一个景区几百家酒店的“盛况”。正是这种运营过程的自由化，过度开发自然保护区的资源，导致了自然保护区生态环境的大肆破坏。
这迫切需要通过将自然保护区的管理权与经营权分离，让管理机构成为经营机构的监督者，使自然保护区的经营者能够在法律规定的范围内进行各项经营活动。
四、自然保护区的管理模式选择
在我国自然保护区管理模式的选择上，应该以中央管理权限的部门集中化，管理机构的法定化，管理过程的制度化，经营主体的多样化这三个特征来表述这种模式。
所谓“中央管理权限的部门集中化”，由中央某一部门单独主管全国的自然保护区管理。中央管理权限集中于一个部门，可以避免政出多门，使自然保护区管理律令畅通。而对于在自然保护区管理中遇到的需要其他部门配合的情况，则可在立法中，要求其他部门配合该主管部门的工作，例如森林防火，环境保护等等。
所谓“管理机构的法定化”，就是一个自然遗产保护区必须成立一个自然遗产管理机构，该机构的职能和职责由法律予以规定。同时该机构直接对设立该管理机构的当地政府负责，其他部门或个人不得干预自然遗产管理机构的日常管理。在调研中发现，在目前一些自然保护区的管理过程中，地方上的林业、矿业、建设部门等等纷纷在区内建设宾馆，大大超越了自然保护区的承载能力。因此在地方上也要避免相关部门干涉自然保护区的管理工作。而中央主管部门的省级单位则可以承担对自然保护区管理的部分监督职能，对于管理工作中的违规情况进行监查，并责令其改正。
所谓“管理过程的制度化”，就是将自然保护区从申报、营建、管理、运营、维护等各个环节通过制度确定，使各个相关主体和部分从事自然保护区的管理活动都必须在相关的制度框架下进行。同时，将管理权和经营权分离，政府主要实施监管的职能，鼓励社会团体和其他主体来负责自然遗产保护区的日常经营活动。
所谓“经营主体的多样化”，就是在单个自然遗产保护区具体的经营上，可以经营主体多样化，在政府部门监管自然保护区经营活动的前提下，鼓励本地社区、非政府组织、科教部门、个人或社团参与自然保护区的管理。这些部门、团体或个人可以承担其中的研究项目，可以向自然保护区捐赠，也可以加入到管理机构中参与自然保护区的管理。因为，不同的自然保护区的资源禀赋和地域特征都是不一样的，而政府的力量往往是有限的，此时可以根据当地的具体情况，广泛利用各类社会力量和资源加入到自然保护区的管理中，从而利用全社会的力量加强自然保护区的管理和保护。
和目前我国的自然保护区管理体制相比，这种中央统一指导和管辖，地方自主管理的模式，能够有效的避免多头管理、交叉管理和部门利益的条块分割。同时，更能有效的利用广泛的社会力量参与自然保护区的管理，既充分利用了社会资源，又增加了社会福利。因此，应当在立法中将这种管理体制固定下来。
自然保护区管理机构的角色定位
自然保护区从一产生开始，便承载人类追求良好生态环境的一种夙愿，但伴随着城市的扩张、农业的发展、旅游业的促进，自然保护区制度从成立至今必然会经历各种矛盾与碰撞。其管理机构也会在这种矛盾与碰撞中不断地自我演化与渐变。结合我国自然保护区管理机构的法律规定与实践，应从以下几个方面来明确定位管理机构的角色与具体职能。
- 1、明确定位自然保护区管理机构的性质
首先，确定自然保护区管理机构的行政主体地位。结合自然保护区与其他相关保护区的发展，自然保护区的管理机构必须以公共管理为背景，即自然保护区的管理机构应是具体的行政机构，不能模糊地或含混地规定管理机构的法律性质。关于自然保护区的公共物品特征与自然保护区对全人类的惠益性，已经形成共识，这种共识导致了自然保护区的产生与相关保护制度的相继出台。但关于自然保护区的具体管理人角色却还存在诸多争议，自然保护区由政府进行管理具有天然的优势与必然的理性。
其次，确定自然保护区管理机构的管理者与执行者身份。管理机构只能是管理者与执行者，不是所有者，也不是经营者。自然保护区很明显是一种生态功能区，从发展经济学角度看，“当生态功能区的所有权属于某一团体或少数几个法人时，所有者为了局部利益或短期利益，极易做出进行经济开发的决定，由此必然造成生态功能区的生态破坏、进而对区域性生态或者全球性生态形成不可挽回的影响。即使所有权属于国家，代表国家利益的决策者出于各种利益追求的目的，也极易做出经济开发的决定，从而造成难以恢复的生态后果。”要保障自然保护区生态作用得以发挥，必须使自然保护区的非开发性所有权分散化，分散化的所有权所导致的高交易成本使得开发权与所有权很难重合，这样便可以保障所有权人能对开发权人进行较好的制约。从此种意义而言，结合我国现状，必须要使所有者（包括管理者）与开发经营者分离。从此种意义上来说，自然保护区管理机构设置中的社区共管模式是值得去仔细考量的一种较合理的管理模式。
- 2、明确定位与其他保护区管理机构的关系
针对同一地域内的各种保护区重叠在我国出现较频繁的现象，可以采取以下几种方式来确立自然保护区管理机构与其他管理机构之间的关系：一是由共同的上级行政主管部门协调，作出统一的管理规定，对某一区域内的资源环境进行共同管理，此共同管理协定或协议应报上级行政主管部门审批备案；二是由地方政府对所辖区域内的自然状况、资源环境进行统一管理，并明确由地方政府对保护区内的环境质量负责，政府行政首长应对当地自然保护区的环境质量负责，并建立相应的责任追溯制度。
- 3、明确定位管理机构的主要职能
自然保护区管理机构具体职能原则上通过法律规范予以明确。首先，在设计自然保护区的管理职能时，应该考虑到管理机构、地方政府、当地人民、各种利益相关部门等各方面的需求与利益冲突，解决好各种管理机构的激励机制与非激励机制，协调好各方的利益关系，让管理机构回归本位——对自然保护区的生态保护。从现状看，自然保护区管理机构显然存在“婆婆”过多，监控权过于分散等，这种现状往往导致该管的事却没有人管，形成权力真空的状态。对自然保护区管理机构来讲，他们往往会一方面强调自然生态的保护，另一方面会利用法律真空与监管漏洞从事开发经营活动。这种状态必然会导致现有管理职能的“虚位”与自然保护区的过度开发并存。
其次，在设计具体管理职能时，要明确其管理者的职能，明确将管理职能与经营权分离。大量的实践研究表明：自然保护区给当地居民带来的经济收益非常有限，存在着保护区管理机构与当地社区利益的非均衡性，这种非均衡性的存在与延续不但会阻碍正常管理工作，更会危及保护区的有效管理。这种现状的产生与前述分析的许多管理机构享有一定程度的经营特权，保护区管理机构在创收的同时，己经形成了一个利益集团密切关联。因而，从这种现实需求出发，我们必须通过立法，改变这种现状，建议通过设立一些禁止性条款，明令禁止管理机构从事某些活动；明确规定管理机构必须要履行哪些管理职能，不履行应承担何种后果。
第三，明确界定管理机构工作人员的权限与职能。诚然，管理机构的工作人员是履行具体管理职责的执行者，明确规定了管理机构的职能是否还有必要对管理人员的权限与职能进一步设定，这有待于进一步研究。但从现有研究内容来看，我们需要通过法律进一步对管理人员的权限与职能进行更加细致精确的界定。
我国自然保护区的发展
一、影响我国自然保护区发展的问题
1．资金方面
①资金投入不足、投入不均、利用率不高
许多研究都都提到，在自然保护区的发展过程中，国家和地方的投资远不能满足保护区的需要。没有足够的资金保障条件下，当地政府和保护区为了创收，不得不开发旅游或矿产资源，违背了建立保护区的初衷：当地社区居民没有得到足够的利益补偿，无法以传统方式生产生活，与保护区的矛盾冲突加剧。另外，自然保护区的资金投入存在着很多不均的现象，徐海根等学者指出，我国自然保护区间投资水平差异较大，国家级自然保护区的知名度和重要性比其他级别自然保护区大，所得地方拨款多。我国民族地区公共财政支出的公共性也不够强，公共财政用于经济建设的投入比例非常高，致使八个民族省区的公共财政在教育、公共卫生和社会保障等领域的投入受到局限。
刘通认为，保护区资金投入方面的问题是缺乏明确的投资规模要求，地方财政投资能力不足，投入标准偏低，投入权责不明，投入缺乏稳定性和受损补偿范围过小等问题。侯豫顺和魏国等认为，保护区经费没有列入国家财政预算，会缺乏稳定的资金投入，在国家实施“自然保护区建设工程”以后，这一局面就将有所改观。而苏杨认为，保护区的资金问题除了国家投入不足以推动协调发展所需的产业升级和效益差外，主要的原因还有保护区的规模超过了现有财力支持，以及相关资金未能整合，资金利用率不高等。国家及各级政府均没有明确的经费预算计划，每年仅对极少数自然保护区下拨部分基建费，而且专款专用，其运行费及自然保护区职员的工资均由地方政府负担及自然保护区创收自筹。国家级以下的保护区中新增资金近90％用于改善员工福利、盖楼和添置交通工具等方面，对于协调与周边社区的矛盾、开展科研等的投入很少，资金利用的效率很低。
②财政转移支付制度的不合理
白燕清指出，我国现行财政转移支付制度在推进限制和禁止开发区域建设方面存在的问题有财政转移支付立法层次低、法制不健全：财政转移支付力度小且结构不合理：现行财政转移支付按行政层次进行资金拨付的做法与主体功能区确定的空间单位难以有效衔接等。常亚南探讨了主体功能区划分下的民族地区基本公共服务均等化的路径，他认为，财政转移支付制度不健全会导致民族地区基本公共服务投入方式单一。不对称性财政结构会导致民族地区基本公共服务投入不足。值得一提的是，白燕清、常亚南、徐海根等众多学者都指出我国现行财政转移支付制度缺乏有效的监督制约机制，资金使用的随意性大，使用效率不高，容易滋生腐败，要加强自然保护区经费的监督与管理。
2．管理方面
①权属关系不明
侯豫顺和魏国认为，自然保护区实现有效管理的最大障碍是保护区与周边社区的矛盾与冲突问题。它们主要表现在权属冲突、政策冲突及社会经济活动冲突三个方面，其中，权属冲突最为常见，可以分为权属明确与变更、权属不明与确定、权属明确但使用权变更或管理权不明几种情况。由于我国的自然保护区建设大多采取先划定范围再逐步落实建设的方法，没有将居民作为保护区的组成要素看待，对地方和社区的经济利益考虑较少，有许多保护区划界后无钱或无力办理征地手续，土地权属未落实到保护区，地方政府出于自身利益考虑对保护区发放林权证采取了不合作的态度，由此，苏杨指出，权属不明主要是因为保护区缺少所必须的土地权，保护区没担当社区扶贫和发展的龙头，社区无法从保护区的经营中获益，没有成为参与保护区管理的力量。王蕾、苏杨等强调，土地权属不清是造成目前自然保护区管理名实不符最主要的原因，由于土地权属和保护区管理权的分割问题，许多自然保护区内的原住民和保护区管理者产生了严重冲突，
②管理体制问题
在关于管理体制问题的讨论上，许多学者都指出，我国自然保护区实行的综合管理与分部门管理相结合的管理体制存在着多头管理、各自为政的现象，不利于保护区的建设，很容易造成资源的浪费和破坏，比较有代表性的学者有刘通、侯豫顺和魏国等。马述宏、余久华和吴丽芳等还指出，现实中保护区实行的较为普遍的业务由上级主管部门管理、行政由县级以上地方政府管理的体制，存在着业务与行政分离、职责不清、权刊不明的弊病。欧阳志云和王效科等指出，由于我国没有统一的保护区建设规划，在具体保护区建设中其功能与性质缺乏严格的界定。这种既是执法者又是执法对象的这种体制上的混乱，势必造成管理上的混乱并引起社区的纠纷。苏杨认为，我国决策部门和各级地方政府未将加强保护区建设和管理放到应有的位置，对其生态效益认识不够，投入亦不足，这是目前自然保护区建而不管、管而无力的首要因素。另外，由于有限资金无法更好的建立基础设施，无法吸引人才、进行科研宣教，导致管理人员少，管理素质较低，社区居民保护意识差，许多自然保护区的管理工作仅维持在简单的看护水平上。郑海洋和蒋康明等还指出，自然保护区管理机构负责人变动频繁，不利于保护区管理的长期稳定性，而且管理人员编制相对偏少，不能满足规范化管理的需求。
3．政策体系方面
①法律法规的不完善
由于自然保护区基础薄弱、经费不足、体制不顺等原因，自然保护区在发展过程中，立法与现实发展需要存在较大差距，一些法律条文不利于自然保护区发展需要。并且，我国现行的《自然保护区条例》、《办法》的法律地位较低，法律法规约束力弱，缺乏权威性，自然保护区管理政策的随意性较大，不利于自然保护区的保护。侯豫顺提出，我国自然保护区政策目标与体系不完善，政策在横向、纵向上冲突，政策执行监管不力。而且，现行保护政策在制定时主要是从单个的问题出发，而不是从自然资源的系统性出发，缺乏明确的政策目标和协调统一的政策措施，导致许多政策难以实施。王蕾、苏杨等对主体功能区中禁止开发区的划分标准进行了研究，她认为现行的主体功能区的划分标准将现有资源价值、功能和保护需要不同的各类保护区域等同视之并忽视了我国各类保护区域在管理中存在的问题。
②考核评价体系的不合理
在政策体系方面，国家环境保护总局建立了相应的考评指标体系，对部分保护价值明显下降和管理水平低下的保护区，进行警告、降级乃至撤销。但是，保护区管理水平的高低主要与保护区的管理体制、资金投入、管理人员素质等有关，刘通认为，如果某个自然保护区管理水平低，可以考虑对主要负责人进行考评，而不是对自然保护区本身进行升降级处理。另一方面，现行保护区发展战略方式的评价往往过于注重数量指标，地方经济发展的优劣常常以GDP、地方收入等来衡量，未能与保护区发展规划相协调。
③生态补偿制度体系的不完善
生活在禁止开发区域的居民无法享受到发展受限制而产生的效益，却必须负担环境资源保护的成本，因为他们，其他公众才得到了更优质的生态环境和生态服务，作为生态服务的受益者应该对保护区的人们进行补偿。然而，我国的自然保护区建设尚处于发展阶段，还未建立系统、完整的自然保护区生态补偿制度，实践中普遍存在着主体不清、标准不明、方式单一、资金不足等问题，构建合理有效的保护区生态补偿制度体系已经迫在眉睫。白字则认为，生态补偿存在的问题主要表现在法律制度、政策不健全。监督和奖惩机制缺乏：理论研究方面存在不足；组织管理条块分割：补偿标准确定方法不完善，补偿标准偏低：融资渠道单一，忽视公众监督与参与等几个方面。
4．生态环境方面
①生态环境问题
随着社会发展，自然保护区的生态环境形势不容乐观。为了改变保护区周边群众的经济状况，周边社区的开荒行为和长期形成的“靠山吃山”的生活习惯往往是以破坏周边生态环境为代价。苏杨还提到，由于自然保护区是相对来说自然资源集中的地方，除了社区居民采樵、放牧、垦植等生产活动，还有各级地方这个发支持或参与的林业、矿业、旅游等资源开发活动，这些活动普遍存在毁林占地、大兴土木等现象，将保护区分割、破碎化，影响了生态系统的内在循环，干扰了野生动物的觅食、繁殖。张涛认为，目前禁止开发区的生态环境问题主要表现在违法规定的开发和过度开发方面，一些禁止开发区内经常发生居民迫于生计进行的违反相关保护规定的开发活动，同时。一些适用于进行保护性开发的区域又程度不同地存在过度开发问题。
②生物多样性减少
自然保护区既是宝贵的物种基因库，也是生物多样性保护最有效和最直接的手段。生物多样性的意义主要体现在生物多样性的价值，对于人类来说，生物多样性具有直接使用价值、间接使用价值和潜在使用价值。刘思慧和刘季科等，以云南省自然保护区为例，他们分析相关资料，认为对生物资源威胁最大的是人口因子，同时他们指出，一些保护区面积偏小，互相之间没有廊道，阻碍了基因交流，容易产生近亲繁殖，生存受到威胁，谭湘萍和丁平研究了浙江省生物多样性的保护对策，认为森林的破坏与片段化、湿地围垦、物种资源的过度开发利用等是生物多样性受胁的重要原因，他们提出要加大执法力度，减少环境污染，对退化的生态系统进行恢复与重建，同时加大科学研究的投入、开展生物多样性保护科学与技术的研究。周继良对宝天曼自然保护区山野菜资源进行了调查，提出了通过人工方法，按照自然规律，恢复天然的生态系统的“生态恢复”，并提出了物种框架方法和最大多样性方法。
二、自然保护区发展的对策建议
1．资金方面
①加大资金投入力度
侯豫顺、欧阳志云和王效科等等众多学者提出，要将自然保护区建设纳入到国民经济预算计划中，以保障自然保护区的正常运行于发展。徐海根、刘思慧和刘季科等认为，增加国家和地方政府的投资是解决保护区经费短缺矛盾的根本措施，国家财政应设立经常性科目用于国家级自然保护区的建设与管理。刘通、高国力、郑海洋等都强调了建立专项资金，其中，刘通提出，必须要明确国家作为国家级自然保护区的主体地位，改中央补助为国家投入，在中央财政设立专户，在地方设立地方级自然保护区的财政专户：高国力提出将现有中央财政每年投入的生态建设与保护工程资金全部纳入专项基金中，将国家对林业、水利等专项补助金和相关收费收入按一定比例放入专项基金，拓展资源税和矿产资源补偿费的征收范围，接受社会捐赠和海外发展援助：郑海洋提出建立专项资金用于省级以上自然保护区的建设与管理，专项资金额度逐年增加。
②拓展资金投入渠道
刘通通过对现有的政策法规进行总结，根据《国家环境保护“十五”计划》、《自然保护区条例》、《陆生野生动物资源保护管理费收费办法》的通知等，将保护区的多种资金投入渠道分为国家资金、中央补助、国内外组织和个人捐赠、部门专项收费、地方预算内资金、地方专项基金和自然保护区自营收入。徐海根认为，拓展保护区建设的资金渠道，主要包括发展保护区产业、征收生态环境补偿费、扩大科研合作，并争取社会和国家援助及合作项目。刘思慧和刘季科等认为，保护区除了合理利用现有资金外，还要积极寻找其他融资渠道，如海外华侨、省内外民营私营企业、国内外非政府组织等。刘通在这方面认为，应该稳定现有资金渠道，同时鼓励社会捐助，积极争取国际资助。
③提高资金利用效率
苏杨提出，解决资金不足应该从开源、节流、提高资金的利用效率三个方面着手。在提高资金的利用效率方面。自然保护区内部要进一步推行分区、分级管理制度，以此有目标、有侧重的使用资金，使自然保护区在生态保护、科研教学、科普宣传、生态旅游及资源持续利用示范等不同利用方向的功能得以充分发挥。另外，国家应该将生态建设资金用于生态效益最好的渠道，并按国际通用的分类方法对我国的各项自然遗产进行分类管理，国家新增的投入应优先用于加强自然保护区机构的能力建设。常亚南则认为，提高转移支付资金的使用效率，要保证转移支付资金确实被优先用于基本公共服务的提供，同时强化监督管理体制。
2．管理方面
①完善管理体制
欧阳志云和王效科等为改变目前多部门管理的模式，建议实行统一、直接的管理，他们建议在国务院行政部门下设立专门的自然保护区管理局统一负责国家级自然保护区的管理，自然保护区管理机构由国家自然保护区主管部门直接管理，地方级自然保护区由相应级别的政府部门直接管理，另外，明确自然保护区的性质与机构定位，实行保护区管理人员公务员制。马述宏提出，将保护区各下属保护站业务与行政、人事全部交由保护区管理局管理，实行垂直到底的管理模式，同时，建立森林防火和植被管护“双线四级”管理体制，成立联防委员会，使当地群众切实参与到保护区的建设中来。苏杨提出在小范围试点的基础上改革管理体制，即在有条件的国家级自然保护区逐步实施国家与地方的双重领导，在规划、投入等方面以国家主管部门为主，为过渡到垂直管理作准备。余久华和吴丽芳、刘通等建议建立纵向的分级管理体制，以一个省(区)为管理单位，建立一套分级管理体系，国家局仅管理总体规划、一级保护对象、核心区等的审批：省级主管部门管理二级保护对象、缓冲区等的审批，县级主管部门管理省级保护对象、实验区等的审批，同时，建立数字网络“虚拟”信息系统。
②社区共管
自然保护区的建立，对于保护自然资源、维系生态系统具有重要意义，然而周边社区的经济发展却会在一定程度上受到了影响。以李励恒为代表的学者认为，解决保护生态与发展经济的矛盾关键是不破坏保护区生态环境的基础上，寻找适合的经济发展模式。而更多的学者提出的是以社区群众为核心进行保护的“社区共管”模式。“社区共管”指当地社区和保护区共同参与当地社区和保护区的自然资源管理、决策制定、实施和评估的整个过程，周平、陈俊荣、王索等以白水江自然保护区的社区共管为例，对不同领域的绩效评估的指标体系进行了对比分析，从而构建出社区共管绩效评估体系，并分析了产权对于社区共管的影响及产权缺陷带来的后果，他们认为中国目前的产权制度阻碍了社区共管的发展，在不改变所有制性质前提下的合理分权是社区共管改进的关键。侯豫顺和魏国认为，解决管理水平的办法之一是将“外部性”问题“内部化”，即使社区居民参加保护区管理并从中获益，由被管理者变为管理者。郑海洋和蒋明康提出建立社会群众的经济利益和生物多样性的保护结合起来的机制，积极推进开发式、参与式、适应式的管理模式，并适当增加人员编制，86科技创业月刊2013年第6期加大经费投入保障机制。对于如何拉动和扶持社区的发展，余久华和吴丽芳建议各级政府和部门制定优惠政策，如产业政策、教育培训、技术指导等。另外，还可以开展高效农林业实验，适度开发生态旅游，使社区群众从保护区获益。
3．政策体系方面
①完善法律法规
对于我国法律制度上存在的一些漏洞，贺加贝建议贯彻可持续发展、优先保护、协同合作等新理念，通过制定综合性立法及修改、制定相关法律规定从而形成一个综合、完整的先进法律体系。另外，要尽快提高自然保护区相关法律、财政转移支付制度的立法层次，健全监督管理体制，保证法律法规实行的权威性和实效性，甚至可以适时推出《自然保护区法》，改变《自然保护区条例》法律地位较低的状况。欧阳志云和王效科等提出建立科学的自然保护区分类体系，进行国家自然保护区建设的总体规划，重新确定国家级自然保护区，同时，加强自然保护区的法制建设，实行“一区一法”。苏杨提出，推行扶持性政策，确立新的自然保护区发展原则，将解决质量问题上升到首位，同时，完善管理法规，加大执法力度。
②完善考核评价体系
在完善自然保护区的监督考核和绩效评价方面，刘通提出了建立以人为主的考评制度和离任之后责任的追究或奖惩制度。周晓铁和刘慧等认为，应将自然保护区的管理保护及其成效列入保护区管理机构的考核中，根据考核的成绩来决定第二年保护区可以从环保部门所获得的经费数额。常亚南强调要逐步建立和完善“结果导向型”绩效评估体系与激励机制，其中，加强公共服务绩效考核是改进政府管理方式的重要手段。郑海洋和蒋明康等总结了优秀保护区的经验，提出省政府应该将自然保护区建设与管理列入市、县政府和省属相关部门生态省建设的重要考核指标，进行定期考核与评估。宏观经济研究院国土所课题组在这方面觉得应更多的评价其生态保护和建设、基本公共服务、特色产业发展等方面的成效，建立相应的可行性指标体系，弱化对经济总量、产业项目、招商引资、财政税收等经济指标的考核。另外，谭湘萍和丁平等提出，应将生态环境和生物多样性保护及其成效列入各级政府的政绩考核内容，成立并健全浙江省自然保护区规划、管理及评审委员会。
4．实行生态补偿制度
①禁止开发区的利益补偿
研究我国自然保护区或禁止开发区的生态补偿的研究和讨论有很多，比较有代表性的学者有宏观经济研究院国土所课题组、刘通、高国力等，自然保护区与禁止开发区有很多相似甚至相同的地方，整体来说，现有研究对禁止开发区的生态补偿机制主要集中在分阶段的补偿和分类型的补偿等两个方面。
禁止开发区的利益补偿可以分为初期、中期和后期三个阶段，初期主要是政府补偿，基本公共服务的补偿以达到保护区所在省份中等水平为宜：中期包括政府补偿和企业补偿，公共服务和城乡收入总体上达到全省平均水平：后期的资金来源包括资源的级差收益、资源开发利用和财政转移支付，居民生活和公共服务均等化达到全国平均水平。按分类型的补偿来说，禁止开发区利益补偿可以分为：一个是生态功能补偿，即维护生态功能的各项补偿支出，一般来说，比较稳定。二是均等化补偿，对政府提供基本公共服务、满足群众基本生活生产需要的各项支出，通常随着经济发展水平的提高而不断提高。
②利益补偿的方式和手段
完善利益补偿的主要手段是财政转移支付，白燕清认为，单靠中央对地方的纵向转移，难以实现地区间公共服务的均等化，因此，应当在目前以纵向转
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